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有一天，東京鐵塔上方突然出現巨大的數碼蛋，此時大輔和他的朋友們遇見了神秘的青年大和田類，他宣稱自己是「世界上第一個被選中的孩子」。而在預告裡，大和田類手握殘缺的暴龍機，沉重地說出「人類和數碼暴龍是不能相遇的，只會令彼此不幸。」令人好奇他的來歷與背後的故事，何謂友情？何謂幸福？屬於數碼暴龍的全新冒險即將展開。...

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2000年春假，在第一次冒險結束後的某一天，網際網路上出現了一個神秘的數碼蛋，數碼蛋孵出一隻神秘數碼獸（水母獸）之後便開始不斷吞食數據並迅速進化成（指爪獸），造成電腦網路世界的混亂。光子郎跑到太一家告知其事情，而太一也馬上聯絡各同伴，但此時此刻，美美在夏威夷，阿空在生太一的氣，阿丈在準備初中入學考試，小光則去同學的生日會，阿岳與大和遠在島根縣。這隻大量吃食數據資訊的數碼獸隨後進化成成長期的（哈哈獸），此時的亞古獸和甲蟲獸也進化至成熟期並出面迎戰，沒料到牠馬上超進化成完全體（地獄使者獸），成熟期的...

因3年前被奧米加獸擊敗，如今超惡魔獸的反擊了。2003年3月25日，它將大量水母獸通過手機簡訊發送到現實世界，同時將太一、大和出糗的私密照片傳播到網際網路上。新的被選召的孩子們開始投入進無休止的回收水母獸的行動中，然而行動並未成功，大量的水母獸聚集到了東京灣，並且形成了一隻巨大的數碼蛋，從數碼蛋裡孵化出滅世魔獸。因為大輔和小賢不在旁邊，V仔獸和蟲蟲獸無法進化，此時的他們正要從澀谷趕往東京灣。為了不讓那隻滅世魔獸破壞城市，太一與大和讓亞古獸和加布獸合體成奧米加獸，但是奧米加獸卻不是這只滅世魔獸的對...

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美國的小朋友華勒斯（又譯華力斯、華萊士、沃利斯）擁有了雙胞胎數碼獸，大耳獸（軟糖獸）和黑大耳獸（巧克力獸），但其中一隻卻莫名其妙地消失了。若干年之後華勒斯長大了，此時正是2002年暑假，小光和阿岳來到美國旅行，碰上了那隻失蹤的數碼獸。他們聯繫了大輔，大輔趕來的時候，碰上了華勒斯，6人決定一起面對那隻數碼獸，卻不敵其究極體的實力。最終小光和阿岳的數碼獸進化為究極體，為大輔的數碼獸製作了代表奇蹟的數碼裝甲，並為華勒斯的數碼獸製作了代表命運的數碼裝甲，使V仔獸和軟糖獸裝甲進化，打倒了巧克力獸。...

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